Correggi l'errore di progettazione della chiave esterna durante la migrazione

Ho la seguente situazione, il mio design sembra così e il database ha già alcuni dati al suo interno.

public class MyContext : DbContext
{
    public DbSet<MyEntity> MyEntities { get; set; }

    protected override void OnConfiguring(DbContextOptionsBuilder optionsBuilder)
    {
        optionsBuilder.UseSqlite("Data Source=database.db");
    }
}

public class MyEntity
{
    public int MyEntityId { get; set; }

    public int MetaEntityId { get; set; }

    public MetaEntity MetaEntity { get; set; }
}

public class MetaEntity
{
    public int MetaEntityId { get; set; }
}

In seguito mi sono reso conto che quello era il mio errore e che il design avrebbe dovuto essere:

public class MyContext : DbContext
{
    public DbSet<MyEntity> MyEntities { get; set; }

    protected override void OnConfiguring(DbContextOptionsBuilder optionsBuilder)
    {
        optionsBuilder.UseSqlite("Data Source=database.db");
    }
}

public class MyEntity
{
    public int MyEntityId { get; set; }

    public MetaEntity MetaEntity { get; set; }
}

public class MetaEntity
{
    public int MetaEntityId { get; set; }

    public int MyEntityId { get; set; }

    public MyEntity MyEntity { get; set; }
}

Qual è il modo migliore per applicare questa migrazione senza perdere le relazioni tra le entità? Esiste un modo all'interno del metodo Migrations Up () per ricordare le relazioni, modificare lo schema DB e quindi riapplicare le relazioni?