EF Core mi consente di rimuovere solo le sequenze di migrazioni, che ritengo sia corretto. perché se rimuovo una migrazione intermedia, la migrazione successiva potrebbe non riuscire a causa della dipendenza dalle migrazioni precedenti.

Esattamente.

Ma se non c'è alcuna dipendenza dovrebbe consentirmi di rimuovere o disabilitare.

Non è possibile per EF Core passare attraverso ogni migrazione e capire se esiste una dipendenza, in particolare per le istruzioni SQL.

Come rimuovere una particolare migrazione?

C'è una risposta a questo però!

Se si è certi che non vi è alcuna dipendenza, creare una migrazione vuota, quindi copiare "Up" e "Down" nella 56a migrazione nel contrario ("Giù" e "Su") della nuova migrazione.

Questo è anche ciò che fa Git: per invertire un vecchio commit, crea un nuovo commit che fa il contrario.