Entity Framework 6 query con filtro Distinct

Per ottenere la query che desideri, devi prima chiamare una Select prima di chiamare Distinct per ottenere solo le colonne necessarie per applicare una distinta:

var data = context.TableX.Where(w => w.userId == 9999&& w.id == 9999)
                         .Select(e=>new {e.id, e.name, e.companyId}) 
                         .Distinct()
                         .ToList();

Aggiornamento 1

Sono abbastanza sicuro che la prima query dovrebbe funzionare, ma in ogni caso un'altra soluzione potrebbe essere l'applicazione di un gruppo:

var data = context.TableX.Where(w => w.userId == 9999&& w.id == 9999)
                         .GroupBy(e=>new {e.id, e.name, e.companyId}) 
                         .Select(g=>new{g.Key.id, g.Key.name, g.Key.companyId})
                         .ToList();

Aggiornamento 2

Ora ho testato la prima query in LinqPad in un altro contesto ma utilizzando la stessa idea:

var query=Agencies.Where(a=>a.StatusId==1)
                  .Select(e=>new{e.StateId, e.AgencyName})
                  .Distinct()
                  .Dump();

E questo è lo sql che è stato generato:

-- Region Parameters
DECLARE @p0 Int = 1
-- EndRegion
SELECT DISTINCT [t0].[stateId] AS [StateId], [t0].[agencyName] AS [AgencyName]
FROM [Agencies] AS [t0]
WHERE [t0].[statusId] = @p0

Come puoi vedere, dovrebbe funzionare, non so davvero cosa stia succedendo nel tuo caso.

Ripetizione della stessa procedura per la seconda query da eseguire tramite LinqPad:

var query=Agencies.Where(a=>a.StatusId==1)
                  .GroupBy(e=>new{e.StateId, e.AgencyName})
                  .Select(g=>new{g.Key.StateId, g.Key.AgencyName})
                  .Dump();

E questo è il codice sql:

-- Region Parameters

DECLARE @p0 Int = 1
-- EndRegion
SELECT [t0].[stateId] AS [StateId], [t0].[agencyName] AS [AgencyName]
FROM [Agencies] AS [t0]
WHERE [t0].[statusId] = @p0
GROUP BY [t0].[stateId], [t0].[agencyName]