creare un indice non cluster sul framework di entità chiave primaria 6.0

AFAIK questo non è possibile con EntityTypeConfiguration. Tuttavia puoi farlo con le migrazioni Code-First. Esempio di lavoro:

public class Product
{
    public Guid Id
    { get; set; }

    public int Price
    { get; set; }
}

class AppDbContext : DbContext
{
    public DbSet<Product> Products
    { get; set; }
}

public partial class InitialCreate : DbMigration
{
    public override void Up()
    {
        CreateTable(
            "dbo.Products",
            c => new
                {
                    Id = c.Guid(nullable: false),
                    Price = c.Int(nullable: false),
                })
            .PrimaryKey(t => t.Id, clustered: false)
            .Index(t => t.Price, clustered: true);

    }

    public override void Down()
    {
        DropIndex("dbo.Products", new[] { "Price" });
        DropTable("dbo.Products");
    }
}

Risultato:

CREATE TABLE [dbo].[Products] (
    [Id]    UNIQUEIDENTIFIER NOT NULL,
    [Price] INT              NOT NULL,
    CONSTRAINT [PK_dbo.Products] PRIMARY KEY NONCLUSTERED ([Id] ASC)
);

GO
CREATE CLUSTERED INDEX [IX_Price]
    ON [dbo].[Products]([Price] ASC);