EF al agregar Entidad, adjunte esto también a Entidad errónea pero con la misma propiedad

Para ser justos, estoy bastante confundido con tu código y no puedo averiguar qué intentabas hacer. Trataré de proporcionar el enfoque correcto para su problema en función de cómo describió sus entidades y relaciones.

Tus entidades:

public class Company
{
    public int id { get; set }
    public virtual ICollection<Sevice> Services { get; set; }
    public virtual ICollection<Container> Containers { get; set; }
}

public class Container
{
    public int id { get; set; }
    public int id_company { get; set; }
    public virtual Company company { get; set; }
    public virtual ICollection<Sevice> Services { get; set; }
}

public class Sevice
{
    public int id { get; set; }
    public int? id_company { get; set; }
    public int? id_container { get; set; }
    public virtual Company company { get; set; }
    public virtual Container container { get; set; }
}

Dijo que todavía no está agregando ningún dato a la base de datos, así que nos centramos en recuperar los datos existentes.

 using (Context context = new Context())
 {
     var company = context.Companies.ToList();
 }

Si ha deshabilitado la carga diferida, debe incluir las tablas secundarias con include .

 using (Context context = new Context())
 {
     var company = context.Companies.Include(g => g.Services)
                                    .Include(g => g.Containers)
                                    .Include(g => g.Containers.Select(s => s.Services))
                                    .ToList();
 }

Si ha definido correctamente las relaciones, su objeto de empresa debería haber cargado correctamente todos los objetos.

Si estoy totalmente equivocado acerca de algo, hágamelo saber, hasta ahora, buena suerte.

Edición final

Vamos a tener datos de ejemplo

   Company   { id: 1 }
   Container { id: 1, id_company: 1 }
   Service   { id: 1, id_company: 1, id_container: 1 }
   Service   { id: 2, id_company: 1, id_container: null }

Luego con algún método de obtención como este:

using (Context context = new Context())
{
    var company = context.Companies.Where(x => x.id == someCompanyId)
                                   .Include(g => g.Services)
                                   .Include(g => g.Containers)
                                   .Include(g => g.Containers.Select(s => s.Services))
                                   .ToList();
}

Terminarás con un objeto que se ve así:

  Company
     services: (1, 2)
     containers: (1)
        services: (1)

Donde Empresa es objeto, servicios y contenedores son colecciones de objetos. Los números entre paréntesis son identificadores de objetos de enitity dentro de colecciones. No necesitas agregar nada como en el código que publicaste.