¿Qué hace que EF Core incluya automáticamente las propiedades de la Colección?

Tengo esta clase

public class Subject
{
    public int Id { get; set; }

    [Required]
    [StringLength(50)]
    public string Name { get; set; }

    [StringLength(50)]
    public string Code { get; set; }

    public int LevelId { get; set; }
    public int? ParentId { get; set; }
    public int Order { get; set; }

    [ForeignKey("LevelId")]
    public Level Level { get; set; }

    [ForeignKey("ParentId")]
    public Subject Parent { get; set; }

    public ICollection<Subject> Children { get; set; }

    [Column(TypeName = "datetime2")]
    public DateTime? DeletedAt { get; set; }
}

Y luego tengo estos 2 métodos de repositorio:

public Subject GetById(int subjectId)
{
    var subjectFound = _context.Subjects.Where(subj => subj.Id == subjectId)
        .SingleOrDefault();
    var subject = _mapper.Map<Subject>(subjectFound);
    if (subjectFound != null)
    {
        subject.Children = GetChildren(subject.Id).ToList();
    }
    return subject;
}

public void Update(Subject existingSubject)
{
    var subjectToUpdate = _context.Subjects.Where(subj => subj.Id == existingSubject.Id)
        .SingleOrDefault();
    if (subjectToUpdate != null)
    {
        _mapper.Map(existingSubject, subjectToUpdate);
        _context.Update(subjectToUpdate);

        SaveChildren(subjectToUpdate.Id, existingSubject.LevelId, existingSubject.Children);

        _context.SaveChanges();
    }
}

Si observa las declaraciones LINQ para estos 2 métodos, son el mismo nombre de variable diferente en la cláusula where, pero tienen el mismo valor en el que se está buscando el Id.

Lo que está sucediendo ahora mismo está en el primer método (GetById), después de la consulta LINQ, los hijos son nulos, la razón por la que tengo una llamada GetChildren en su interior.

Pero en el segundo método (Actualización), después de la consulta LINQ, el objeto devuelto tiene todos sus hijos. Son la misma consulta y he comprobado una y otra vez para asegurarse de que tengan los mismos valores y de que sí.

No tengo ningún código anterior especial antes de la llamada a estos 2; simplemente se llaman normalmente. Así que estoy realmente confundido por este comportamiento. ¿Qué podría estar causando esto?